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Enhancers that regulate CUX2[ENSG00000111249.9]
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Chrom. Start End Enhancer ID TSS of gene Distance between enhancer and TSS Tissues that enhancer appears More
chr12 111361962 111378047 enh64640 111471828 93781
Prostate (PC-3) Cervix (HeLa-S3) Prostate (RWPE1) Colon (HCT116) Lung (PC-9) Neural Stem Cells (H9) Heart
chr12 111383565 111388175 enh14991 111471828 83653
Placenta Epithelial (MCF-7)
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Epithelial (MCF-7)
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VISTA
chr12 111473237 111473713 vista14894 111471828 1409
VISTA
chr12 111474885 111481155 enh43823 111471828 3057
Muscle (Myotube) Peripheral Blood (MM.1S)
chr12 111475040 111475231 vista14895 111471828 3212
VISTA
chr12 111492625 111516615 enh29983 111471828 20797
Prostate (PC-3) Brain (SK-N-SH) Brain (SK-N-MC) Prostate (RWPE1) Blood (T-cell) Astrocyte Lung (A549) Muscle (A673) Pancreas Thymus Stomach
chr12 111494792 111495250 vista14896 111471828 22964
VISTA
chr12 111495397 111496252 vista354 111471828 23569
VISTA
chr12 111528016 111533629 enh60422 111471828 56188
Blood (OCI-LY7)
chr12 111552505 111566415 enh75175 111471828 80677
Muscle (A673) Spleen Brain (SK-N-MC) Prostate (RWPE1)
Transcript facotrs that regulate CUX2[ENSG00000111249.9]
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Chrom. Start End TF name Source Predicted site? Tissue TSS of gene Distance between TFBS and gene id More
chr12 111472628 111473244 ZNF143 ENCODE Uniform TFBS no Embryonic Stem Cell Line (H1-hESC) 111471828 800 108059326
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chr12 111473299 111473305 SP1 TRANSFAC yes 111471828 1471 82476831
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chr12 111473430 111473440 GSC JASPAR yes 111471828 1602 82476863
chr12 111473431 111473439 OTX1 JASPAR yes 111471828 1603 82476864
chr12 111473431 111473439 OTX2 JASPAR yes 111471828 1603 82476865
chr12 111473447 111473458 HOXC13 JASPAR yes 111471828 1619 82476866
chr12 111473455 111473911 ZNF274 GTRD no Bone Marrow (K562) 111471828 1627 108059328
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chr12 111473524 111473530 SPI1 JASPAR yes 111471828 1696 82476873
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chr12 111475112 111475126 CREB3L1 JASPAR yes 111471828 3284 123726463
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chr12 111475121 111475134 ATF4 JASPAR yes 111471828 3293 82476910
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chr12 111475124 111475132 CREB1 JASPAR yes 111471828 3296 82476911
chr12 111475124 111475132 CREB1 JASPAR yes 111471828 3296 123726466
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chr12 111475150 111475165 ESR2 JASPAR yes 111471828 3322 123726467
chr12 111475151 111475162 ESRRA JASPAR yes 111471828 3323 82476913
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chr12 111475151 111475162 ESRRA JASPAR yes 111471828 3323 123726468
chr12 111475151 111475162 ESRRB JASPAR yes 111471828 3323 123726469
chr12 111475152 111475160 NR4A2 JASPAR yes 111471828 3324 82476915
chr12 111475152 111475160 NR4A2 JASPAR yes 111471828 3324 123726470
chr12 111475153 111475163 RORA JASPAR yes 111471828 3325 82476916
chr12 111475153 111475163 RORA JASPAR yes 111471828 3325 123726471
chr12 111475182 111475192 ERG JASPAR yes 111471828 3354 82476917
chr12 111475182 111475192 FLI1 JASPAR yes 111471828 3354 82476918
chr12 111475182 111475192 ERG JASPAR yes 111471828 3354 123726472
chr12 111475182 111475192 FLI1 JASPAR yes 111471828 3354 123726473
chr12 111475184 111475190 ETS1 JASPAR yes 111471828 3356 82476919
chr12 111475184 111475190 ETS1 JASPAR yes 111471828 3356 123726474
chr12 111475194 111475198 YY1 TRANSFAC yes 111471828 3366 82476920
chr12 111475194 111475198 YY1 TRANSFAC yes 111471828 3366 123726475
chr12 111475195 111475213 SRF JASPAR yes 111471828 3367 82476921
chr12 111475195 111475213 SRF JASPAR yes 111471828 3367 123726476
chr12 111475197 111475212 MEF2C JASPAR yes 111471828 3369 82476922
chr12 111475197 111475212 MEF2C JASPAR yes 111471828 3369 123726477
chr12 111475201 111475219 IRF2 JASPAR yes 111471828 3373 82476923
chr12 111475201 111475219 IRF2 JASPAR yes 111471828 3373 123726478
chr12 111475202 111475214 YY1 JASPAR yes 111471828 3374 82476924
chr12 111475202 111475214 YY1 JASPAR yes 111471828 3374 123726479
chr12 111475202 111475217 SOX21 JASPAR yes 111471828 3374 82476925
chr12 111475202 111475217 SOX21 JASPAR yes 111471828 3374 123726480
chr12 111475218 111475349 FOXA1 UCSC Txn Factor no Conserved 111471828 3390 108059330
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chr12 111475227 111475232 ETS2 TRANSFAC yes 111471828 3399 123726481
chr12 111475259 111475270 FOXP2 JASPAR yes 111471828 3431 123726482
chr12 111475261 111475269 FOXO3 JASPAR yes 111471828 3433 123726483
chr12 111475261 111475272 FOXA1 JASPAR yes 111471828 3433 123726484
chr12 111475283 111475291 FOXO3 JASPAR yes 111471828 3455 123726485
chr12 111475292 111475302 EMX1 JASPAR yes 111471828 3464 123726486
chr12 111475292 111475302 HOXB3 JASPAR yes 111471828 3464 123726487
chr12 111475292 111475302 MEOX2 JASPAR yes 111471828 3464 123726488
chr12 111475293 111475301 NKX6-1 JASPAR yes 111471828 3465 123726489
chr12 111475308 111475323 NR2C2 JASPAR yes 111471828 3480 123726490
chr12 111475325 111475337 HES5 JASPAR yes 111471828 3497 123726491
chr12 111475325 111475337 HES7 JASPAR yes 111471828 3497 123726492
chr12 111475325 111475337 PKNOX1 JASPAR yes 111471828 3497 123726493
chr12 111475325 111475337 PKNOX2 JASPAR yes 111471828 3497 123726494
chr12 111475325 111475337 TGIF1 JASPAR yes 111471828 3497 123726495
chr12 111475325 111475337 TGIF2 JASPAR yes 111471828 3497 123726496
chr12 111475327 111475337 MAX JASPAR yes 111471828 3499 123726497
chr12 111475361 111475382 ZNF263 JASPAR yes 111471828 3533 123726498
chr12 111475364 111475385 ZNF263 JASPAR yes 111471828 3536 123726499
chr12 111475373 111475379 TCF4 TRANSFAC yes 111471828 3545 123726500
chr12 111475373 111475394 IRF1 JASPAR yes 111471828 3545 123726501
chr12 111475390 111475396 TCF4 TRANSFAC yes 111471828 3562 123726502
chr12 111475425 111475435 TEAD4 JASPAR yes 111471828 3597 123726503
chr12 111475449 111475463 POU4F1 JASPAR yes 111471828 3621 123726504
chr12 111475449 111475465 POU4F2 JASPAR yes 111471828 3621 123726505
chr12 111475449 111475465 POU4F3 JASPAR yes 111471828 3621 123726506
chr12 111475454 111475458 YY1 TRANSFAC yes 111471828 3626 123726507
chr12 111475459 111475463 YY1 TRANSFAC yes 111471828 3631 123726508
chr12 111475467 111475471 TEAD2 TRANSFAC yes 111471828 3639 123726509
chr12 111475471 111475482 DUX4 JASPAR yes 111471828 3643 123726510
chr12 111475487 111475503 POU4F2 JASPAR yes 111471828 3659 123726511
chr12 111475487 111475503 POU4F3 JASPAR yes 111471828 3659 123726512
chr12 111475489 111475493 YY1 TRANSFAC yes 111471828 3661 123726513
chr12 111475489 111475503 POU4F1 JASPAR yes 111471828 3661 123726514
chr12 111475503 111475507 YY1 TRANSFAC yes 111471828 3675 123726515
chr12 111475507 111475517 HOXA13 JASPAR yes 111471828 3679 123726516
chr12 111475507 111475517 HOXB13 JASPAR yes 111471828 3679 123726517
chr12 111475507 111475517 HOXD13 JASPAR yes 111471828 3679 123726518
chr12 111475507 111475518 HOXA10 JASPAR yes 111471828 3679 123726519
chr12 111475507 111475518 HOXD12 JASPAR yes 111471828 3679 123726520
chr12 111475508 111475517 CDX1 JASPAR yes 111471828 3680 123726521
chr12 111475508 111475519 CDX2 JASPAR yes 111471828 3680 123726522
chr12 111475526 111475530 TEAD2 TRANSFAC yes 111471828 3698 123726523
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chr12 111475537 111475547 TFCP2 JASPAR yes 111471828 3709 123726525
chr12 111475538 111475549 SPDEF JASPAR yes 111471828 3710 123726526
chr12 111475552 111475563 CDX2 JASPAR yes 111471828 3724 123726527
chr12 111475555 111475576 IRF1 JASPAR yes 111471828 3727 123726528
chr12 111475557 111475572 PRDM1 JASPAR yes 111471828 3729 123726529
chr12 111475557 111475572 STAT2 JASPAR yes 111471828 3729 123726530
chr12 111475558 111475572 STAT1 JASPAR yes 111471828 3730 123726531
chr12 111475559 111475573 IRF7 JASPAR yes 111471828 3731 123726532
chr12 111475575 111475578 MYB TRANSFAC yes 111471828 3747 123726533
chr12 111475575 111475590 PRDM1 JASPAR yes 111471828 3747 123726534
chr12 111475575 111475590 STAT2 JASPAR yes 111471828 3747 123726535
chr12 111475580 111475601 IRF1 JASPAR yes 111471828 3752 123726536
chr12 111475582 111475597 PRDM1 JASPAR yes 111471828 3754 123726537
chr12 111475582 111475597 STAT2 JASPAR yes 111471828 3754 123726538
chr12 111475585 111475600 FOXP1 JASPAR yes 111471828 3757 123726539
chr12 111475589 111475604 FOXP1 JASPAR yes 111471828 3761 123726540
chr12 111475608 111475612 H4TF2 TRANSFAC yes 111471828 3780 123726541
chr12 111475624 111475628 NFE TRANSFAC yes 111471828 3796 123726542
chr12 111475648 111475658 ALX3 JASPAR yes 111471828 3820 123726543
chr12 111475648 111475658 EN2 JASPAR yes 111471828 3820 123726544
chr12 111475648 111475658 ESX1 JASPAR yes 111471828 3820 123726545
chr12 111475648 111475658 LBX2 JASPAR yes 111471828 3820 123726546
chr12 111475648 111475658 MIXL1 JASPAR yes 111471828 3820 123726547
chr12 111475648 111475658 RAX JASPAR yes 111471828 3820 123726548
chr12 111475649 111475657 ISX JASPAR yes 111471828 3821 123726549
chr12 111475649 111475657 LHX9 JASPAR yes 111471828 3821 123726550
chr12 111475649 111475657 LMX1B JASPAR yes 111471828 3821 123726551
chr12 111475649 111475657 PRRX1 JASPAR yes 111471828 3821 123726552
chr12 111475649 111475657 RAX2 JASPAR yes 111471828 3821 123726553
chr12 111475649 111475657 SHOX JASPAR yes 111471828 3821 123726554
chr12 111475649 111475657 UNCX JASPAR yes 111471828 3821 123726555
chr12 111475659 111475662 MYB TRANSFAC yes 111471828 3831 123726556
chr12 111475673 111475688 ESR2 JASPAR yes 111471828 3845 123726557
chr12 111475674 111475678 LFA1 TRANSFAC yes 111471828 3846 123726558
chr12 111475685 111475697 SRF JASPAR yes 111471828 3857 123726559
chr12 111475694 111475698 H4TF2 TRANSFAC yes 111471828 3866 123726560
chr12 111475701 111475705 H4TF2 TRANSFAC yes 111471828 3873 123726561
chr12 111475708 111475717 HIC2 JASPAR yes 111471828 3880 123726562
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chr12 111475725 111475731 MZF1 JASPAR yes 111471828 3897 123726564
chr12 111475742 111475746 ESR1 TRANSFAC yes 111471828 3914 123726565
chr12 111475771 111475777 PEA3 TRANSFAC yes 111471828 3943 123726566
chr12 111475771 111475781 SP1 JASPAR yes 111471828 3943 123726567
chr12 111475771 111475782 FLI1 JASPAR yes 111471828 3943 123726568
chr12 111475772 111475780 EHF JASPAR yes 111471828 3944 123726569
chr12 111475772 111475782 SP1 JASPAR yes 111471828 3944 123726570
chr12 111475779 111475783 LFA1 TRANSFAC yes 111471828 3951 123726571
chr12 111475799 111475810 NRL JASPAR yes 111471828 3971 123726572
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chr12 111475817 111475830 SCRT2 JASPAR yes 111471828 3989 123726575
chr12 111475848 111475855 NFATC2 JASPAR yes 111471828 4020 123726576
chr12 111475849 111475860 STAT3 JASPAR yes 111471828 4021 123726577
chr12 111475861 111475874 HSF1 JASPAR yes 111471828 4033 123726578
chr12 111475865 111475880 HSF1 JASPAR yes 111471828 4037 123726579
chr12 111475866 111475879 HSF1 JASPAR yes 111471828 4038 123726580
chr12 111475867 111475878 ELK4 JASPAR yes 111471828 4039 123726581
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chr12 111475868 111475878 ETV4 JASPAR yes 111471828 4040 123726588
chr12 111475868 111475878 ETV5 JASPAR yes 111471828 4040 123726589
chr12 111475868 111475878 ETV6 JASPAR yes 111471828 4040 123726590
chr12 111475868 111475878 FEV JASPAR yes 111471828 4040 123726591
chr12 111475868 111475878 GABPA JASPAR yes 111471828 4040 123726592
chr12 111475868 111475879 ELF5 JASPAR yes 111471828 4040 123726593
chr12 111475868 111475879 SPDEF JASPAR yes 111471828 4040 123726594
chr12 111475868 111475880 EHF JASPAR yes 111471828 4040 123726595
chr12 111475868 111475880 ELF1 JASPAR yes 111471828 4040 123726596
chr12 111475868 111475880 ELF4 JASPAR yes 111471828 4040 123726597
chr12 111475868 111475881 ELF1 JASPAR yes 111471828 4040 123726598
chr12 111475868 111475883 STAT1 JASPAR yes 111471828 4040 123726599
chr12 111475869 111475877 FEV JASPAR yes 111471828 4041 123726600
chr12 111475869 111475878 ELK4 JASPAR yes 111471828 4041 123726601
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chr12 111475870 111475876 SPI1 JASPAR yes 111471828 4042 123726603
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chr12 111475902 111475922 TP63 JASPAR yes 111471828 4074 123726606
chr12 111475905 111475917 YY1 JASPAR yes 111471828 4077 123726607
chr12 111475925 111475929 YY1 TRANSFAC yes 111471828 4097 123726608
chr12 111475934 111475948 NR2F1 JASPAR yes 111471828 4106 123726609
chr12 111475934 111475949 HNF4A JASPAR yes 111471828 4106 123726610
chr12 111475963 111475977 POU1F1 JASPAR yes 111471828 4135 123726611
chr12 111475964 111475976 POU3F1 JASPAR yes 111471828 4136 123726612
chr12 111475964 111475976 POU3F2 JASPAR yes 111471828 4136 123726613
chr12 111475964 111475977 POU3F3 JASPAR yes 111471828 4136 123726614
chr12 111475965 111475977 POU2F1 JASPAR yes 111471828 4137 123726615
chr12 111475976 111475980 TEAD2 TRANSFAC yes 111471828 4148 123726616
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chr12 111476005 111476017 POU3F2 JASPAR yes 111471828 4177 123726621
chr12 111476005 111476018 POU3F3 JASPAR yes 111471828 4177 123726622
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chr12 111476085 111476088 MYB TRANSFAC yes 111471828 4257 123726632
chr12 111476089 111476100 TBX2 JASPAR yes 111471828 4261 123726633
chr12 111476089 111476102 EOMES JASPAR yes 111471828 4261 123726634
chr12 111476090 111476100 TBR1 JASPAR yes 111471828 4262 123726635
chr12 111476098 111476112 SPI1 JASPAR yes 111471828 4270 123726636
chr12 111476101 111476108 SPIB JASPAR yes 111471828 4273 123726637
chr12 111476116 111476124 MEIS2 JASPAR yes 111471828 4288 123726638
chr12 111476116 111476124 MEIS3 JASPAR yes 111471828 4288 123726639
chr12 111476117 111476129 TGIF1 JASPAR yes 111471828 4289 123726640
chr12 111476117 111476129 TGIF2 JASPAR yes 111471828 4289 123726641
chr12 111476134 111476138 NFE TRANSFAC yes 111471828 4306 123726642
chr12 111476158 111476161 MYB TRANSFAC yes 111471828 4330 123726643
chr12 111476169 111476186 ZNF410 JASPAR yes 111471828 4341 123726644
chr12 111476176 111476191 SOX21 JASPAR yes 111471828 4348 123726645
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chr12 111476199 111476203 SRF TRANSFAC yes 111471828 4371 123726649
chr12 111476213 111476218 SP1 TRANSFAC yes 111471828 4385 123726650
chr12 111476215 111476220 TFAP2A TRANSFAC yes 111471828 4387 123726651
chr12 111476215 111476221 MZF1 JASPAR yes 111471828 4387 123726652
chr12 111476237 111476246 NFIX JASPAR yes 111471828 4409 123726653
chr12 111476238 111476244 NFIC JASPAR yes 111471828 4410 123726654
chr12 111476251 111476262 EBF1 JASPAR yes 111471828 4423 123726655
chr12 111476264 111476273 HIC2 JASPAR yes 111471828 4436 123726656
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chr12 111476270 111476274 YY1 TRANSFAC yes 111471828 4442 123726658
chr12 111476320 111476323 MYB TRANSFAC yes 111471828 4492 123726659
chr12 111476326 111476345 CTCF JASPAR yes 111471828 4498 123726660
chr12 111476329 111476341 HNF1B JASPAR yes 111471828 4501 123726661
chr12 111476398 111476413 HSF1 JASPAR yes 111471828 4570 123726662
chr12 111476399 111476412 HSF1 JASPAR yes 111471828 4571 123726663
chr12 111476399 111476412 HSF2 JASPAR yes 111471828 4571 123726664
chr12 111476399 111476412 HSF4 JASPAR yes 111471828 4571 123726665
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chr12 111476407 111476422 SCRT1 JASPAR yes 111471828 4579 123726667
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chr12 111476527 111476542 FOXP1 JASPAR yes 111471828 4699 123726686
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chr12 111476721 111476733 ZBTB7C JASPAR yes 111471828 4893 123726696
chr12 111476724 111476736 ZBTB7C JASPAR yes 111471828 4896 123726697
chr12 111476724 111476739 RUNX2 JASPAR yes 111471828 4896 123726698
chr12 111476729 111476750 IRF1 JASPAR yes 111471828 4901 123726699
chr12 111476731 111476746 STAT2 JASPAR yes 111471828 4903 123726700
chr12 111476733 111476748 IRF9 JASPAR yes 111471828 4905 123726701
chr12 111476735 111476756 IRF1 JASPAR yes 111471828 4907 123726702
chr12 111476739 111476760 IRF1 JASPAR yes 111471828 4911 123726703
chr12 111476741 111476756 PRDM1 JASPAR yes 111471828 4913 123726704
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chr12 111476752 111476766 SPIC JASPAR yes 111471828 4924 123726707
chr12 111476755 111476760 ETS2 TRANSFAC yes 111471828 4927 123726708
chr12 111476760 111476764 YY1 TRANSFAC yes 111471828 4932 123726709
chr12 111476763 111476778 MEF2C JASPAR yes 111471828 4935 123726710
chr12 111476784 111476794 MEF2A JASPAR yes 111471828 4956 123726711
chr12 111476798 111476802 NFE TRANSFAC yes 111471828 4970 123726712
chr12 111476798 111476803 GATA1 TRANSFAC yes 111471828 4970 123726713
chr12 111476798 111476804 GATA3 JASPAR yes 111471828 4970 123726714
chr12 111476816 111476832 RFX5 JASPAR yes 111471828 4988 123726715
chr12 111476816 111476834 ESR2 JASPAR yes 111471828 4988 123726716
chr12 111476817 111476834 ESR1 JASPAR yes 111471828 4989 123726717
chr12 111476818 111476822 NFE TRANSFAC yes 111471828 4990 123726718
chr12 111476818 111476838 ESR1 JASPAR yes 111471828 4990 123726719
chr12 111476827 111476830 MYB TRANSFAC yes 111471828 4999 123726720
SNPs associated with CUX2[ENSG00000111249.9], confirmed by eQTL
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Chrom. Position dbSNP ID Reference Allele Alternative Allele Distance between TSS and SNP Tissue q Value id More
chr12 111515020 rs11830764 G A,C,T 0 Pancreas 0.0166056 2900942
chr12 111301032 rs139988623 G A 170796 Breast 0.173397 2899893
chr12 111867293 rs61944375 A C 78935 Spleen 0.307992 2902373
Details of CUX2[ENSG00000111249.9]
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Genomic Location chr12:111471828-111788358[+]
TSS 111471828
Gene Name CUX2
Ensembl ID ENSG00000111249.9
ENTREZID 23316
Uniprot
O14529
Protein Name
Homeobox protein cut-like 2
Neuron specific transcription factor
Transcription factor CUX2
Expression levels of CUX2[ENSG00000111249.9]
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