EnhancerDB

Enhancers that regulate RCAN3[ENSG00000117602.7]

Chrom.	Start	End	Enhancer ID	TSS of gene	Distance between enhancer and TSS	Tissues that enhancer appears
chr1	24732584	24732754	vista778	24829387	96633	VISTA
chr1	24736156	24736250	vista779	24829387	93137	VISTA
chr1	24752098	24756248	enh64010	24829387	73139	Heart
chr1	24762345	24766495	enh78980	24829387	62892	Prostate (PC-3)
chr1	24789793	24789894	vista780	24829387	39493	VISTA
chr1	24801845	24816915	enh47150	24829387	12472	Brain (SK-N-MC) Large Intestine Blood (T-cell) Peripheral Blood (MM.1S) Pancreas Spleen Neural Stem Cells (H9) Thymus
chr1	24808566	24808646	vista781	24829387	20741	VISTA
chr1	24831610	24831804	vista782	24829387	2223	VISTA
chr1	24833128	24833464	vista783	24829387	3741	VISTA
chr1	24846494	24856001	enh60104	24829387	17107	Blood (T-cell) Blood (OCI-LY7)
chr1	24854734	24855006	vista784	24829387	25347	VISTA
chr1	24856559	24856784	vista785	24829387	27172	VISTA
chr1	24867645	24876136	enh11620	24829387	38258	Prostate (PC-3) Blood (OCI-LY7) Placenta Lung (PC-9) Stomach
chr1	24878735	24879052	vista786	24829387	49348	VISTA
chr1	24883605	24896815	enh11621	24829387	54218	Prostate (PC-3) Liver (HepG2) Brain (SK-N-MC) Large Intestine Stomach Placenta Thyroid Peripheral Blood (MM.1S) Lung (PC-9) Pancreas Pancreas (Panc1) Epithelial (MCF-7)
chr1	24890021	24890356	vista787	24829387	60634	VISTA
chr1	24900845	24905015	enh87585	24829387	71458	Pancreas Stomach
chr1	24908745	24915935	enh64011	24829387	79358	Liver (HepG2) Peripheral Blood (MM.1S) Heart Blood (T-cell) Stomach
chr1	24916485	24926855	enh11622	24829387	87098	Prostate (PC-3) Placenta Epithelial (MCF-7)

Transcript facotrs that regulate RCAN3[ENSG00000117602.7]

Chrom.	Start	End	TF name	Source	Predicted site?	Tissue	TSS of gene	Distance between TFBS and gene	id
chr1	24831600	24831916	ZNF274	ENCODE Uniform TFBS	no	Liver (HepG2)	24829387	2213	107802457
chr1	24831675	24831684	NKX3-2	JASPAR	yes		24829387	2288	118251124
chr1	24831684	24831704	RREB1	JASPAR	yes		24829387	2297	118251125
chr1	24831685	24831691	TCF4	TRANSFAC	yes		24829387	2298	118251126
chr1	24831695	24831716	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2308	118251127
chr1	24831696	24831702	LEF1	TRANSFAC	yes		24829387	2309	118251128
chr1	24831696	24831702	SOX10	JASPAR	yes		24829387	2309	118251129
chr1	24831696	24831711	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2309	118251130
chr1	24831696	24831717	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2309	118251131
chr1	24831697	24831708	FOXP2	JASPAR	yes		24829387	2310	118251132
chr1	24831697	24831709	FOXC2	JASPAR	yes		24829387	2310	118251133
chr1	24831697	24831712	STAT2	JASPAR	yes		24829387	2310	118251134
chr1	24831697	24831718	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2310	118251135
chr1	24831698	24831713	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2311	118251136
chr1	24831701	24831716	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2314	118251137
chr1	24831702	24831717	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2315	118251138
chr1	24831703	24831718	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2316	118251139
chr1	24831703	24831724	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2316	118251140
chr1	24831705	24831720	PRDM1	JASPAR	yes		24829387	2318	118251141
chr1	24831705	24831726	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2318	118251142
chr1	24831706	24831720	SPIC	JASPAR	yes		24829387	2319	118251143
chr1	24831710	24831725	LEF1	JASPAR	yes		24829387	2323	118251144
chr1	24831710	24831731	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2323	118251145
chr1	24831711	24831732	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2324	118251146
chr1	24831712	24831727	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2325	118251147
chr1	24831712	24831733	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2325	118251148
chr1	24831716	24831737	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2329	118251149
chr1	24831717	24831732	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2330	118251150
chr1	24831717	24831738	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2330	118251151
chr1	24831718	24831739	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2331	118251152
chr1	24831719	24831734	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2332	118251153
chr1	24831719	24831740	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2332	118251154
chr1	24831720	24831741	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2333	118251155
chr1	24831721	24831736	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2334	118251156
chr1	24831721	24831742	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2334	118251157
chr1	24831722	24831737	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2335	118251158
chr1	24831722	24831743	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2335	118251159
chr1	24831723	24831738	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2336	118251160
chr1	24831723	24831744	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2336	118251161
chr1	24831724	24831739	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2337	118251162
chr1	24831724	24831745	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2337	118251163
chr1	24831725	24831740	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2338	118251164
chr1	24831725	24831746	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2338	118251165
chr1	24831726	24831741	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2339	118251166
chr1	24831726	24831747	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2339	118251167
chr1	24831727	24831742	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2340	118251168
chr1	24831727	24831748	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2340	118251169
chr1	24831728	24831743	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2341	118251170
chr1	24831728	24831749	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2341	118251171
chr1	24831729	24831744	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2342	118251172
chr1	24831730	24831745	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2343	118251173
chr1	24831731	24831746	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2344	118251174
chr1	24831732	24831747	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2345	118251175
chr1	24831732	24831753	IRF1	JASPAR	yes		24829387	2345	118251176
chr1	24831733	24831748	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2346	118251177
chr1	24831734	24831749	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2347	118251178
chr1	24831739	24831754	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	2352	118251179
chr1	24831787	24831804	RXRA	JASPAR	yes		24829387	2400	118251180
chr1	24831792	24831798	HiNF-A	TRANSFAC	yes		24829387	2405	118251181
chr1	24833138	24833143	ETS2	TRANSFAC	yes		24829387	3751	118251182
chr1	24833144	24833159	MEF2A	JASPAR	yes		24829387	3757	118251183
chr1	24833145	24833160	MEF2C	JASPAR	yes		24829387	3758	118251184
chr1	24833154	24833158	TEAD2	TRANSFAC	yes		24829387	3767	118251185
chr1	24833156	24833159	MYB	TRANSFAC	yes		24829387	3769	118251186
chr1	24833176	24833191	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3789	118251187
chr1	24833177	24833192	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3790	118251188
chr1	24833178	24833193	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3791	118251189
chr1	24833178	24833199	IRF1	JASPAR	yes		24829387	3791	118251190
chr1	24833179	24833194	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3792	118251191
chr1	24833180	24833195	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3793	118251192
chr1	24833203	24833208	MYB	TRANSFAC	yes		24829387	3816	118251193
chr1	24833211	24833222	FOXP2	JASPAR	yes		24829387	3824	118251194
chr1	24833213	24833227	SPIC	JASPAR	yes		24829387	3826	118251195
chr1	24833214	24833227	ELF1	JASPAR	yes		24829387	3827	118251196
chr1	24833215	24833227	EHF	JASPAR	yes		24829387	3828	118251197
chr1	24833215	24833227	ELF1	JASPAR	yes		24829387	3828	118251198
chr1	24833215	24833227	ELF4	JASPAR	yes		24829387	3828	118251199
chr1	24833215	24833228	ELF3	JASPAR	yes		24829387	3828	118251200
chr1	24833216	24833227	ELF5	JASPAR	yes		24829387	3829	118251201
chr1	24833216	24833227	ETV2	JASPAR	yes		24829387	3829	118251202
chr1	24833217	24833227	ERF	JASPAR	yes		24829387	3830	118251203
chr1	24833217	24833227	ERG	JASPAR	yes		24829387	3830	118251204
chr1	24833217	24833227	ETS1	JASPAR	yes		24829387	3830	118251205
chr1	24833217	24833227	FEV	JASPAR	yes		24829387	3830	118251206
chr1	24833217	24833227	FLI1	JASPAR	yes		24829387	3830	118251207
chr1	24833217	24833228	ELK4	JASPAR	yes		24829387	3830	118251208
chr1	24833217	24833228	FLI1	JASPAR	yes		24829387	3830	118251209
chr1	24833218	24833226	FEV	JASPAR	yes		24829387	3831	118251210
chr1	24833219	24833233	STAT1	JASPAR	yes		24829387	3832	118251211
chr1	24833227	24833237	TBX21	JASPAR	yes		24829387	3840	118251212
chr1	24833227	24833238	TBX20	JASPAR	yes		24829387	3840	118251213
chr1	24833227	24833238	TBX2	JASPAR	yes		24829387	3840	118251214
chr1	24833227	24833240	EOMES	JASPAR	yes		24829387	3840	118251215
chr1	24833228	24833236	MGA	JASPAR	yes		24829387	3841	118251216
chr1	24833228	24833236	TBX15	JASPAR	yes		24829387	3841	118251217
chr1	24833228	24833236	TBX1	JASPAR	yes		24829387	3841	118251218
chr1	24833228	24833236	TBX4	JASPAR	yes		24829387	3841	118251219
chr1	24833228	24833236	TBX5	JASPAR	yes		24829387	3841	118251220
chr1	24833228	24833238	TBR1	JASPAR	yes		24829387	3841	118251221
chr1	24833237	24833248	STAT1	JASPAR	yes		24829387	3850	118251222
chr1	24833246	24833261	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3859	118251223
chr1	24833247	24833262	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3860	118251224
chr1	24833248	24833263	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3861	118251225
chr1	24833264	24833273	ZEB1	JASPAR	yes		24829387	3877	118251226
chr1	24833271	24833279	OTX2	JASPAR	yes		24829387	3884	118251227
chr1	24833275	24833286	FLI1	JASPAR	yes		24829387	3888	118251228
chr1	24833276	24833280	YY1	TRANSFAC	yes		24829387	3889	118251229
chr1	24833276	24833286	ERF	JASPAR	yes		24829387	3889	118251230
chr1	24833276	24833286	ERG	JASPAR	yes		24829387	3889	118251231
chr1	24833276	24833286	ETS1	JASPAR	yes		24829387	3889	118251232
chr1	24833276	24833286	FEV	JASPAR	yes		24829387	3889	118251233
chr1	24833276	24833286	FLI1	JASPAR	yes		24829387	3889	118251234
chr1	24833276	24833287	ETV2	JASPAR	yes		24829387	3889	118251235
chr1	24833276	24833289	ELF1	JASPAR	yes		24829387	3889	118251236
chr1	24833277	24833285	FEV	JASPAR	yes		24829387	3890	118251237
chr1	24833287	24833302	FOXP1	JASPAR	yes		24829387	3900	118251238
chr1	24833304	24833315	HOXC13	JASPAR	yes		24829387	3917	118251239
chr1	24833304	24833315	HOXD12	JASPAR	yes		24829387	3917	118251240
chr1	24833323	24833337	STAT1	JASPAR	yes		24829387	3936	118251241
chr1	24833323	24833338	STAT2	JASPAR	yes		24829387	3936	118251242
chr1	24833331	24833343	FOXI1	JASPAR	yes		24829387	3944	118251243
chr1	24833342	24833350	GATA5	JASPAR	yes		24829387	3955	118251244
chr1	24833370	24833381	CEBPB	JASPAR	yes		24829387	3983	118251245
chr1	24833371	24833382	CEBPA	JASPAR	yes		24829387	3984	118251246
chr1	24833396	24833402	MZF1	JASPAR	yes		24829387	4009	118251247
chr1	24833397	24833417	RREB1	JASPAR	yes		24829387	4010	118251248
chr1	24833424	24833428	LFA1	TRANSFAC	yes		24829387	4037	118251249
chr1	24833432	24833436	YY1	TRANSFAC	yes		24829387	4045	118251250
chr1	24833438	24833452	SPI1	JASPAR	yes		24829387	4051	118251251
chr1	24833438	24833452	SPIC	JASPAR	yes		24829387	4051	118251252
chr1	24833444	24833454	MEF2A	JASPAR	yes		24829387	4057	118251253
chr1	24833447	24833457	HOXA13	JASPAR	yes		24829387	4060	118251254
chr1	24833447	24833457	HOXB13	JASPAR	yes		24829387	4060	118251255
chr1	24833447	24833457	HOXD13	JASPAR	yes		24829387	4060	118251256
chr1	24833448	24833458	HOXB13	JASPAR	yes		24829387	4061	118251257
chr1	24833448	24833458	HOXD13	JASPAR	yes		24829387	4061	118251258
chr1	24833449	24833459	GSX2	JASPAR	yes		24829387	4062	118251259
chr1	24833450	24833458	BSX	JASPAR	yes		24829387	4063	118251260
chr1	24833450	24833459	VENTX	JASPAR	yes		24829387	4063	118251261

Chrom.	Position	dbSNP ID	Reference Allele	Alternative Allele	Distance between TSS and SNP	Tissue	q Value	id
chr1	24869886	rs196424	A	G	2356	Esophagus	0.00467621	165981
chr1	24904454	rs11585545	T	C	36924	Heart	0.208539	166409
chr1	25268289	rs12725096	A	T	400759	Heart	0.225455	169665
chr1	24952562	rs140270158	A	C	85032	Breast	0.340298	166838
chr1	24941395	rs149789884	C	CA	73865	Spleen	0.326893	166684
chr1	23885599	rs2067053	T	C	943788	Ovary	0.396416	159493
chr1	25382618	rs1997927	G	A,C	515088	Uterus	0.36258	170991
chr1	25289840	rs144421201	G	A	422310	Thyroid	0.204543	169901
chr1	24867734	rs196422	G	T	204	Liver	2.71929e-09	165953
chr1	25197277	rs17360973	G	A	329747	Lung	0.0826739	168939
chr1	24887920	rs2481930	G	A	20390	Adrenal	0.124629	166205

Genomic Location	chr1:24829387-24867530[+]
TSS	24829387
Gene Name	RCAN3
Ensembl ID	ENSG00000117602.7
ENTREZID	11123
Uniprot
	Q9UKA8
	A0A024RAH2
Protein Name
	2,3,4
	Calcipressin-3
	Regulator of calcineurin 3 isoform 1a

EnhancerDB

Enhancers that regulate RCAN3[ENSG00000117602.7]

Transcript facotrs that regulate RCAN3[ENSG00000117602.7]

SNPs associated with RCAN3[ENSG00000117602.7], confirmed by eQTL

Details of RCAN3[ENSG00000117602.7]

Expression levels of RCAN3[ENSG00000117602.7]